Кутије за отпатке за мачке обично треба чистити сваке две до три недеље. Тачна учесталост чишћења зависи од индивидуалних шема елиминације сваке мачке. Ако мачка производи велику количину отпада, интервал чишћења се може сходно томе скратити и обрнуто. Ако се кутија за отпатке не чисти дуже време, мачји урин се не може апсорбовати, што доводи до јаког мириса и развоја бактерија.

